ソースファイルをコンパイルだけしてリンクしないためには cl.exe に /c オプションを渡します。
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コマンドラインからソースコードをコンパイルするためには Visual C++ が提供しているバッチファイルを実行してコマンドプロンプトを起動します。
リソーススクリプトの仕様を MSDN から見つけてきました。
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リンカとはオブジェクトコードやライブラリを結合して実行可能ファイルを生成するプログラムです。