コモンイベントの中でセルフスイッチを操作すると、その影響はコモンイベントを呼び出したイベントに及ぶようです。

言い方がまずいですね。

コモンイベントが操作するセルフスイッチというのは、コモンイベントを呼び出したイベントのセルフスイッチのことを指すというのが正解かもしれません。

なぜ、こんなことを考えていたのかというと、シンボリックエンカウントのゲームを作ろうと思ったときに、エンカウントの仕様がかわるたびに全ての敵キャラのイベントを直さなければならないのは面倒だなぁと感じたからです。

検証の結果、コモンイベントを使うことで解決できそうです。なんだか、なかば当たり前になってきていますからね、シンボリックエンカウント。私も好きですけど。