古い Windows を使っていた頃、アプリケーションを再インストールした後、再起動を促されることが多かったと思いますが、あれは今でも有効だそうです。

…というのも、アプリケーションはアンインストーラ自身をアンインストールのトランザクションで削除できないので、再起動後にこっそり削除することがあるそうなのです。ときどき、アンインストール時にウイルスバスターが「自動起動のスクリプトを発見しました」のような警告を出すのですが、これが原因です。次回の起動で「アンインストーラの削除処理」を実行するように予約しているのです。ですので、あれを阻止するのはちょっとまずいかもしれません。