面白いことに、この問題の解決策っていろいろ議論されているんです。たとえばブラウザにプラグイン組み込んでリンク先のファイルタイプがわかるようにしたり。

私の場合は単純に PDF を開いてしまったときは Acrobat を起動するようにしています。一見、別のソフトが立ち上がってしまうのはストレスに感じそうですが、意外とそうでもありません。

やり方は簡単。 Acrobat を開いて次のようにメニューを下ります（たぶん Adobe Reader でも同じような感じだと思います）。

「設定」→「環境設定」→「インターネット」

その中にある「 PDF をブラウザに表示」のチェックを外せば完了です。以後は PDF をクリックしても Acrobat が起動するだけでブラウザの動作を邪魔しません。

もうひとつ、とんでもなく軽い PDF ビューアーをインストールするという手もあります。こちらは有名なソフトウェアがあるらしいのですが忘れてしまいました。面目ないです…