こんにちは（＾＾
ソースコードのバージョン管理ツールは良いですよ♪

> 例えば、変更点が同じだった場合、比較のために最後にイニシャルで_bとか_yと二つのファイルに分け、変更場所を指定するファイルを別に用意し、投票的なものをしてもらう…
> といった仕組みなのでしょうか

そういう解決方法もありですが、たぶん、
ゲーム開発くらいだったら当事者間での取り決めで大丈夫だと思います。

> 例えば自分が危険な変更をしてしまった時、Byerkutさんが気づいて元のバージョンに戻したい場合は簡単に出来るのでしょうか

めちゃくちゃ簡単にできます。
コマンドを打つだけです。
しかも、過去のどのバージョンへも復元が可能です。

> テキスト比較のプログラムがどのようになっているかわかりませんが、
> 大幅にテキストを変更した場合（ソースコード全体に影響がある場合）に、変更部分だけ書き換えるといったことが可能なのでしょうか…

マージ（併合）に関しては Perl を生んだ高名なプログラマーの
アルゴリズムが使われており、すでに実績も豊富にあるので心配ありません。
変更箇所が細切れでも広くても問題なく処理します。

> 同じ時に、Byerkutさんが、yomogiが変更している最中の変数を使用する関数を追加した場合、コンパイル時にエラーが出てしまいます。

その通りです。
ですので、サーバへアップロードする際には
コンパイルエラーが０の状態にしなければなりません。
これは暗黙のルールです（マナーですかね）。